无人机飞行运营合格证的办理流程如下：

了解申请条件：需要具备无人机相关的知识和技能，包括无人机的操作、维护、维修等方面的能力；具备合法的无人机所有权和使用权；遵守国家的相关法律法规和政策，确保无人机的安全和合规运营。

准备申请材料：包括无人机运营合格证申请表，填写相关信息并加盖公章；无人机的相关证书和资料，包括生产厂家提供的证书、使用说明书、维修手册等；申请者的身份证明和联系方式；其他相关证明材料，如无人机操作人员的资格证书、无人机保险等。

提交申请：向当地的无人机管理机构提交申请，提供真实、准确的信息，并按照要求填写相关表格和资料。

审核和评估：无人机管理机构会对申请材料进行审核和评估，包括无人机的性能、安全性、合规性等方面。如果申请者不符合相关条件或要求，需要按照要求进行整改或补充材料。

领取证书：如果申请者的申请材料通过审核和评估，无人机管理机构会颁发无人机运营合格证。领取证书时需要携带相关证件和资料，并按照要求进行领取手续。