无人机运营合格证的办理流程如下：

了解相关规定和要求：在申请无人机运营合格证之前，需要了解国家和地方政府的有关法律法规、技术标准以及申请条件和程序等。

准备申请材料：根据当地民航主管部门的要求，准备好申请无人机运营合格证所需的材料，包括企业法人营业执照、法定代表人身份证明、运营方案、无人机型号和数量、人员资质等。

提交申请：将相关材料提交给当地民航主管部门进行审核。审核通过后，会颁发无人机运营合格证。

接受日常监管：获得无人机运营合格证后，企业需要按照规定进行日常运营并接受民航主管部门的监管。

此外，在办理无人机运营合格证时，还需要注意以下几点：

确保无人机符合国家和地方政府的有关法律法规和标准，确保安全性和合规性。

确保无人机运营企业具备相应的资质和条件，如企业法人营业执照、人员资质等。

确保无人机运营企业具备完善的运营方案和管理制度，包括飞行计划、安全措施、应急预案等。

遵守民航主管部门的审核要求和程序，确保申请材料的真实性和准确性。

在日常运营中，遵守民航主管部门的监管要求和规定，确保无人机的安全和合规运营。