无人机飞行合格证申请流程如下：

准备材料：根据无人机类型和用途，准备相应的申请材料，包括无人机照片、无人机序列号、使用目的、使用地点等。

网上填写申请表：在相关管理机构网站上填写无人机飞行申请表，并上传准备好的材料。

审核：等待相关管理机构对申请材料进行审核，包括对无人机照片、序列号、使用目的、使用地点等进行核实。

获得许可证：如果申请材料审核通过，就可以获得相应的无人机飞行许可证。

飞行：在获得许可证后，才允许进行无人机的飞行。同时，也需要注意遵守无人机飞行的相关规定和限制。