通用航空运营合格证的申请步骤如下：

准备申请材料：包括企业的营业执照、组织机构代码证、税务登记证、航空安全管理制度、飞行人员资质证明、飞行器适航证明等。

提交申请材料：将准备好的申请材料提交给当地民航管理部门，并按照要求填写申请表格。

审核申请材料：民航管理部门会对申请材料进行审核，确保申请企业符合法律法规和安全标准。民航管理部门会对申请企业进行现场检查，检查企业的安全管理制度、飞行器适航情况、飞行人员资质等。

颁发运营合格证：如果申请企业符合要求，民航管理部门会颁发通用航空运营合格证。