无人机通用航空企业运营合格证的申请需要满足以下条件：

从事无人机运营的企业必须为中国籍注册的法人单位。

企业必须具有法人资格，并已取得民航总局或民航地区管理局颁发的无人机驾驶员训练机构临时合格证。

企业必须按照《民用无人机驾驶员管理规定》要求，完成无人机驾驶员的训练、考核和发证工作，确保所运营的无人机驾驶员具备相关资质。

企业必须具备符合无人机运行要求的安全运行责任制、安全管理人员和安全操作规程等安全管理制度。

企业必须具备符合无人机运行要求的场地、设施、设备和人员等资源条件，并具备相应的维护和保养能力。

企业必须按照民航总局的要求，完成无人机运营的申报和备案工作，并接受民航总局或民航地区管理局的监管和检查。