申请无人机运营合格证需要按照以下步骤进行：

准备申请材料：根据地区和无人机类型的要求，准备完整的申请材料。

提交申请材料：将申请材料提交给当地民航管理部门。

审核和检查：民航管理部门将对申请材料进行审核和必要的现场检查，以确保企业符合无人机运营合格证的申请条件。

颁发证书：如果企业符合条件，民航管理部门将颁发无人机运营合格证书。

需要注意的是，无人机运营合格证的申请流程和要求可能因地区和无人机类型而有所不同。因此，建议企业在申请前仔细阅读相关规定，并向当地民航管理部门咨询，以确保申请流程的顺利进行。