通用航空企业经营许可证换发运营合格证的流程可能包括以下步骤：

提交申请：通用航空企业需要向相关管理部门（如民航地区管理局）提交换发运营合格证的申请。

准备材料：根据申请条件和规定，通用航空企业需要准备相应的材料，包括企业资质证明、设备清单、人员资质证明等。

审核材料：管理部门将对提交的材料进行审核，包括材料的完整性、真实性以及是否符合相关规定。

实地核查：必要时，管理部门可能会对通用航空企业的经营场所、设备等进行实地核查，以确保企业具备从事通用航空经营活动的条件。

作出决定：管理部门将在审核和实地核查完成后，作出是否批准换发运营合格证的决定。如果获得批准，通用航空企业将获得新的运营合格证。

在线获取证书：通用航空企业可以在线获取新的电子运营合格证。

查询结果：如果申请被拒绝，通用航空企业可以在网上查询拒绝的原因。

需要注意的是，具体的换发流程和要求可能会因地区和政策而有所不同。因此，在申请前zuihao先了解当地管理部门的具体要求和流程，以确保申请的顺利进行。同时，确保所提交的申请材料真实、准确、完整，以避免因虚假材料而被拒绝申请。